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中心现有六个机构：
贸易部：主要承担进出口和国内贸易，销售和进口各种牛羊胚胎、冻精，销售仪器、设备和药品。代理进口仪器和家畜，开拓国内外市场。
技术服务部：主要负责国内外家畜胚胎的生产和移植服务。验收科研和合作项目。
研发部：承担国内外研究合作项目和新产品的开发，帮助技术部申请和验收国家、省和自治区研究合作项目。
培训部：组织国内外技术培训和出国考察，在全国范围内举办国内动物胚胎移植和相关生物技术培训。
办公室：主要负责后勤保障。支付办公用品，车船票和飞机票的费用；支付房屋租赁费，医疗和保险费用，整理各种文件。完成人事调动和请假手续。维护和更新网站。参加有关人事、医疗和保险等会议。
财务部：实行严格的财务制度。负责起草公司财务预算，处理一切费用的收入和支出。填写周、月和年度财务报告。发放职工工资和奖金。
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